Knižnice prírodných produktov pre CADD
Knižnice prírodných produktov pre CADD (Computer-Aided Drug Design) sú digitálne databázy (alebo fyzické knižnice) štruktúr optimalizované pre virtuálny skríning a in silico modelovanie. Tieto zbierky (napr. TargetMol) obsahujú 3D štruktúry derivátov prírodných produktov a sú navrhnuté tak, aby uľahčili počítačové dokovanie (docking) a farmakologické štúdie ešte pred samotnou syntézou alebo testovaním. Vykonávate virtuálny skríning na identifikáciu potenciálnych ligandov pre váš proteínový cieľ a potrebujete štrukturálne bohatú databázu prírodných látok? Nájdite tu knižnicu optimalizovanú pre CADD a objavovanie liečiv.
Radenie produktov
2 položiek celkom
Výpis produktov
Ovládacie prvky výpisu
2 položiek celkom
Knižnice prírodných produktov pre CADD (Computer-Aided Drug Design) sú špecializované knižnice prírodných produktov, ktoré sú navrhnuté tak, aby prepojili svet virtuálneho (in silico) skríningu s reálnym experimentálnym testovaním. Tieto knižnice obsahujú fyzické zlúčeniny a zároveň k nim poskytujú nevyhnutné digitálne dáta pre počítačové modelovanie.
Prepojenie virtuálneho a reálneho skríningu
Moderné objavovanie liečiv sa často začína pri počítači. CADD, alebo počítačom podporovaný dizajn liečiv, umožňuje vedcom rýchlo a lacno "otestovať" milióny zlúčenín proti 3D štruktúre ich cieľového proteínu.
1. Virtuálny skríning (In Silico Docking)
Pomocou špecializovaného softvéru vedci vykonávajú "dokovanie" (docking), pri ktorom simulujú, ako dobre sa tisíce molekúl z digitálnej databázy (napr. vo formáte SDF) viažu do aktívneho miesta ich cieľa. Týmto procesom vyberú napríklad 100 najsľubnejších kandidátov.
2. Experimentálne overenie
Tu nastupujú naše CADD knižnice. Namiesto toho, aby vedec musel prácne zháňať alebo syntetizovať týchto 100 kandidátov, naša fyzická knižnica (napr. od TargetMol) obsahuje presne tie zlúčeniny, ktoré boli v digitálnej databáze. Výskumník si môže objednať len tie "hity" z virtuálneho skríningu a okamžite ich otestovať v reálnom laboratórnom teste (napr. ELISA alebo HTS).
Obsah knižníc CADD
Tieto knižnice sú špeciálne zostavené tak, aby boli vhodné pre virtuálny skríning:
- Štrukturálna diverzita: Obsahujú širokú škálu prírodných produktov a ich derivátov.
- Dostupné dáta: Ku knižnici sú k dispozícii digitálne súbory (napr. SDF) obsahujúce 2D a 3D štruktúry všetkých zlúčenín, pripravené na načítanie do modelovacieho softvéru.
- "Drug-like" vlastnosti: Zlúčeniny sú často filtrované tak, aby mali vlastnosti podobné liekom (viď Knižnice zlúčenín podobných drogám), čo zvyšuje šancu na úspech.
Tento prístup dramaticky urýchľuje počiatočné fázy objavovania liečiv a šetrí obrovské prostriedky, ktoré by sa inak minuli na testovanie nerelevantných zlúčenín.
